Полагаю, что проблема в файле /etc/vsftpd/user_conf/user
Вот мой кусок конфига с chroot-ом.
local_enable=YES
local_umask=022
chmod_enable=YES
chroot_local_user=YES
# chroot_list_enable=YES
# chroot_list_file=/etc/vsftpd.chroot_list
# local_max_rate=7200
# local_root=/srv/
userlist_enable=YES
userlist_file=/etc/vsftpd.user_list
userlist_deny=no
В файле /etc/vsftpd.user_list построчно прописаны только имена системных пользователей, каждый в новой строке. Только имена, без путей к домашнему каталогу.
vsftpd берёт пути к домашним каталогам из файла /etc/passwd.
Есть ещё файл /etc/ftpusers, в котором прописаны все остальные юзеры, которые не должны иметь логина по ftp.