А причём здесь смартфон и Wine?
Вы хотели поставить Linux вместо Android используя Wine?
Судя по всему, он использовал виндовую программу для перепрошивки, запущенную через wine.
И этой программе, вероятно, требуется доступ напрямую к usb. А эту фичу в wine подвезли буквально только в последнюю версию.
Так что такое проще запускать либо из живой винды, либо из виртуалки с пробросом usb.
ЗЫ. Ну и помнить, что при прошивке, если что-то пойдет не так, то можно получить "кирпич".
