1. Все вопросы о SP надо обсуждать не на форуме, а в техподдержке.
2. В репозитории, как я понимаю, только сертифицированные пакеты.
3. Я не знаю как устроен Sp, но смущает название репозитория update. Возможно это не основной репозиторий, а репозиторий обновлённых пакетов. Те пакеты, которые не обновлялись лежат где-то ещё. И зацикливаю : Обращайтесь в техподдержку, в крайнем случае прямо в Базальт или в IVK