Дело совсем не в нестабильности Sisyphus. Просто нужно внимательно смотреть, какие на самом деле изменения в систему вносят Ваши действия. Вы не указали, какие именно пакеты удаляли, но упомянули игры. Для примера возьмем игру "Шахматы". Эта игра находится в пакете gnome-games-chess. Но от этого пакета зависит пакет gnome-games-full, который тоже будет удален. Но от него, в свою очередь, зависит пакет gnome3-default, который тоже удалится. Таким образом, удалив всего одну игру Вы сносите весь GNOME. О чем, кстати, Вас честно предупреждает, например, тот же Synaptic. Да и apt-get предупреждает.
Немного смущает, что Вы пишете "в первые 2 перезахода всё было нормально". Проблема должна была проявиться при первой же перезагрузке. Установка gnome-shell устанавливает и gnome3-default, от которого зависит. Вот проблема и решилась. Дело вовсе не в драйверах и не в gdm.
