Как я понял ядро Linux это папка boot.
При полном копировании каталога /boot с флэшки, вы заменили и важный стартовый файл настроек /boot/extlinux/extlinux.conf в котором прописано монтирование корня с NVMe. Теперь придётся его править руками (восстановить в нём правильный UUID от NVMe). И кроме каталога /boot нужны еще модули (т.е. еще нужно скопировать каталог /usr/lib/modules с флэшки на NVMe).
На будущее, ПЕРЕД любыми изменениями важных частей - нужно с начала сделать их копию, что-бы было куда откатить изменения, тогда вам достаточно было бы после копирования /boot, заменить в нём extlinux.conf на сохранённый.
Исправить в настройках загрузчика и в /etc/fstab.
Нет, этот файл трогать не нужно, там должно быть прописано универсальное значение монтирования корня, полученное при начальном старте системы (/dev/root).