А как в wine командную строку запустить?

Ну так это ж, как в MS DOS 3.30, dosbox (и т.д.), и по-о-ехали:
$ wine /home/user/.wine/dosdevices/c\:/windows/system/cmd.exe
Версия Wine CMD 5.1.2600 (1.7.4-eter1)
unix\home\user>c:
C:\>dir
Том на диске C не имеет метки.
Серийный номер тома 2c98-3baf
Directory of C:\
25.10.2014 1:11 9 .windows-serial
25.10.2014 1:11 <DIR> Program Files
21.10.2014 21:48 <DIR> Skype3
25.10.2014 1:32 <DIR> tmp
25.10.2014 1:11 <DIR> users
25.10.2014 1:20 <DIR> windows
1 file 9 bytes
5 directories 81,016,832,000 bytes free
C:\>cd Skype3
C:\Skype3>dir
Том на диске C не имеет метки.
Серийный номер тома 2c98-3baf
Directory of C:\Skype3
21.10.2014 21:48 <DIR> .
25.10.2014 1:36 <DIR> ..
21.08.2014 1:54 11,710 config.xml
15.04.2008 19:39 0 dc.db
15.04.2008 14:09 585 mylogin.cmd
12.12.2008 0:18 753 PreloadedContacts.vcf
15.04.2008 13:26 195 registr.bat
15.04.2008 14:03 1,391 registr.reg
09.05.2014 18:43 252 shared.xml
15.04.2008 14:00 113,850 Skype.chm
07.11.2008 14:00 21,633,320 Skype.exe
15.04.2008 14:03 306 WScript.vbs
10 files 21,762,362 bytes
2 directories 81,016,815,616 bytes free
C:\Skype3>registr.bat
C:\что-то там будет выводить строк несколько - регистрация скайп в виндовс, db и т.д.
C:\Skype3>exit
Для понятности - что есть что:
C:\Skype3>registr.bat
C:\ - устройство на котором находимся
Skype3 - текущий каталог в котором находимся
> - приглашение ввода команды
registr.bat - запускаемый batch-файл
Простым кликом в проводнике по Skype.exe программа не запускается
А дальше запустить Менеджер файлов wine - проводник типа виндовый и из него мышью по skype.exe. Авторизация и вперёд.
Виндовая версия вполне себе работает и в системе с alsa из под wine без всяких прокладок вроде apulse.
Справка по командам:
$ wine /home/user/.wine/dosdevices/c\:/windows/system/cmd.exe Версия Wine CMD 5.1.2600 (1.7.4-eter1)
unix\home\user>c:
C:\>help
Встроенные команды CMD:
ASSOC Показывает или изменяет сопоставления типов файлов
ATTRIB Показывает или изменяет DOS-атрибуты файла
CALL Вызывает один bat-файл из другого
CD (CHDIR) Изменяет текущий каталог
CHOICE Ждёт выбора из списка
CLS Очищает экран консоли
COPY Копирует файл(ы)
CTTY Изменяет устройство ввода/вывода
DATE Показывает или изменяет системную дату
DEL (ERASE) Удаляет файл или несколько файлов
DIR Выводит содержимое каталога
ECHO Выводит текст непосредственно в консоль
ENDLOCAL Заканчивает действие локальных изменений окружения
FTYPE Выводит или изменяет команды открытия, связанные с типами файлов
HELP Показывает краткую подсказку по команде
MD (MKDIR) Создаёт каталог
MORE Выводит данные по страницам
MOVE Перемещает файл, несколько файлов или дерево каталогов
PATH Показывает или изменяет путь поиска программ
PAUSE Останавливает исполнение bat-файлa
POPD Восстанавливает предыдущий текущий каталог, сохранённый с помощью
PROMPT Изменяет приглашение командной строки
PUSHD Сохраняет текущий каталог и переходит в другой
REN (RENAME) Переименовывает файл
RD (RMDIR) Удаляет каталог
SET Показывает или изменяет переменные окружения
SETLOCAL Начинает действие локальных изменений окружения
START Запускает программу, или открывает файл в соответствующей программе
TIME Показывает или изменяет текущее системное время
TITLE Устанавливает заголовок окна cmd для текущей сессии
TYPE Выводит содержимое текстового файла
VER Показывает текущую версию CMD
VOL Показывает метку тома дискового устройства
XCOPY Копирует файлы или деревья каталогов
EXIT Закрывает CMD
Выполните HELP <команда> для дополнительной информации по перечисленным командам.
C:\>exit