Я тоже сталкивался с подобной проблемой.
Экспериментальным путем выяснил, что Zend Optimizer категорически отказывался работать вместе с расширением xdebug.
После отключения xdebug'a всё сразу заработало.
Причины возникновения такой ситуации мне неизвестны.
