"Это не баг, это фича" (с) оценке-то все равно, на каком конкретно уроке она выставлена.
Если нужно иметь контроль, за какую тему оценка, то надо отдельно создавать работы с разными темами и ставить оценки уже в работы.
Автоматический перенос оценок из уроков в "работу на уроке" был задуман для борьбы с неучитываемыми оценками, которые проставляют уроки учителя, которые так и не смогли въехать в разницу уроков и работ. Кроме того, это переходный этап к задуманному обновлению интерфейса, где все будет более понятно с этим разделением.