Посмотрите на окончание :
M41.4 - это для ядра с окончанием M41.4 (старого),
M41.5 - для M41.5 (нового).
Что-бы в новом всё работало так-же, как в старом, надо доставить аналогичные модули нового ядра.
Что-бы разобраться что у вас есть:
Совсем старое:
kernel-image-std-def-2.6.25-alt8.M41.1
kernel-modules-virtualbox-1.5.6-std-def-1.5.6-alt2.132633.8.M41.1
kernel-modules-virtualbox-addition-1.5.6-std-def-1.5.6-alt1.132633.8.M41.1
kernel-modules-oss-std-def-2.6.25-alt8.M41.1
Старое ядро:
kernel-modules-acerhk-std-def-0.5.35-alt1.132633.8.M41.4
kernel-modules-tp_smapi-std-def-0.37-alt1.132633.8.M41.4
kernel-modules-virtualbox-1.5.6-std-def-1.5.6-alt2.132633.8.M41.4
kernel-modules-omnibook-std-def-0.0-alt1.r274.132633.8.M41.4
kernel-modules-madwifi-std-def-0.9.4-alt1.132633.8.M41.4
kernel-modules-rt2860-std-def-1.8.0.0-alt1.132633.8.M41.4
kernel-image-std-def-2.6.25-alt8.M41.4
kernel-modules-alsa-std-def-2.6.25-alt8.M41.4
kernel-modules-nvidia-std-def-177.80-alt1.132633.8.M41.4
kernel-modules-lirc-std-def-1.0.0.8.3-alt2.cvs20080313.132633.8.M41.4
kernel-modules-v4l-std-def-2.6.25-alt8.M41.4
kernel-modules-kqemu-std-def-1.3.0-alt0.1.pre11.132633.8.M41.4
kernel-modules-eeepc-std-def-0.3-alt0.M41.1.132633.8.M41.4
kernel-modules-oss-std-def-2.6.25-alt8.M41.4
kernel-modules-ndiswrapper-std-def-1.53-alt1.132633.8.M41.4
kernel-modules-igb-std-def-1.2.24-alt1.132633.8.M41.5
kernel-modules-drm-std-def-2.6.25-alt8.M41.4
kernel-modules-fglrx-std-def-1.0.8.47.1-alt2.132633.8.M41.4
kernel-modules-virtualbox-addition-1.5.6-std-def-1.5.6-alt1.132633.8.M41.4
Новое ядро:
kernel-image-std-def-2.6.25-alt8.M41.5 - само ядро
kernel-modules-rt2860-std-def-1.8.0.0-alt1.132633.8.M41.5
kernel-modules-virtualbox-addition-std-def-2.1.4-alt0.M41.132633.8.M41.5 - модули ядра, необходимые для работы внутри Virtualbox
kernel-modules-acerhk-std-def-0.5.35-alt1.132633.8.M41.5
kernel-modules-lirc-std-def-1.0.0.8.3-alt2.cvs20080313.132633.8.M41.5 - модуль инфракрасного порта
kernel-modules-nvidia-std-def-177.80-alt1.132633.8.M41.5 - nvidia VGA
kernel-modules-alsa-std-def-2.6.25-alt8.M41.5 - звук
kernel-modules-virtualbox-std-def-2.1.4-alt0.M41.132633.8.M41.5 - для работы (запуска) virtualbox
kernel-modules-fglrx-std-def-1.0.8.47.1-alt2.132633.8.M41.5 - ATI (AMD) VGA
kernel-modules-oss-std-def-2.6.25-alt8.M41.5 (звук через OSS) - обычно мешает работать alsa (или oss или alsa).
kernel-modules-eeepc-std-def-0.3-alt0.M41.1.132633.8.M41.5
kernel-modules-omnibook-std-def-0.0-alt1.r274.132633.8.M41.5
kernel-modules-kqemu-std-def-1.3.0-alt0.1.pre11.132633.8.M41.5 - поддержка эмулятора quemu
kernel-modules-tp_smapi-std-def-0.37-alt1.132633.8.M41.5
kernel-modules-zaptel-std-def-1.4.12.1-alt2.132633.8.M41.5 - что-то связанное с asterisk
kernel-modules-igb-std-def-1.2.24-alt1.132633.8.M41.5
kernel-modules-subfs-std-def-0.9-alt10.2.132633.8.M41.5 - модуль поддержки автомонтирования через subfs
kernel-modules-madwifi-std-def-0.9.4-alt1.132633.8.M41.5 - wifi карточки от atheros
kernel-modules-v4l-std-def-2.6.25-alt8.M41.5 - вебкамеры, тв и т.п.
kernel-modules-drm-std-def-2.6.25-alt8.M41.5 - видео drm
kernel-modules-ndiswrapper-std-def-1.53-alt1.132633.8.M41.5 используется для использования дпайверов от Windows в Wifi карточках
kernel-modules-virtualbox-vfs-std-def-2.1.4-alt0.M41.132633.8.M41.5