Я не знаю как такое устанавливать. .run что это?
1. Скачать. Зайти в терминале в каталог скачанного дистрибутива программы.
2. Дать права на запуск (chmod +x ./VirtualBox-2.0.4-38406-Linux_x86.run)
3. sudo ./VirtualBox-2.0.4-38406-Linux_x86.run и отвечать на вопросы.
Установится в opt. Потребует все те же kerhel-headers-modules.