1. Вы-же можете посмотреть, что в initrd лежит - file вам в помощь :) - там упакованный образ, он легко распаковывается и монтируется через loop.
2. Наверное, всё-таки ehci-hcd.
3. update-kernel сам ничего не делает, он только вызывает установку нужных модулей ядра. Устанавливает ядро непосредственно скрипт kernel-imstall, который вызывает mkinitrd c параметрами. определяемыми в зависимости, от того, что показывает lsmod. Возможно, там стоит фильтр, который выкидывает драйвера USB.