Как вариант, можно
1) поставить нужный пакет в hold /etc/apt/apt.conf и в synaptic, чтобы в случае чего можно было обновляться хоть в терминале, хоть в synaptic
2) за'hold'ить пакет только в synaptic и в терминале обновлять только ядро
Кстати, много раз читал на форуме, что synaptic неудобен, так как не дает подробной информации относительно установки или удаления, как это делает терминал.
Это не так, настройки synaptic позволяют, чтобы весь процесс с удалением/установкой совершался в терминале, чтобы сделать так, зайдите во вкладку
Параметры => Параметры
и в самом низу будет пункт
Выполнение изменений
Остается только лишь поставить галочку на пункте
Выполнять изменения в окне терминала
И вот вам, теперь все процессы по удалению или установки, можно будет наблюдать в окне терминала (смотрите скриншот).
PS: этот функционал будет удобен тем, кто постоянно пользуется apt-индикатором и ему больше нравятся gui-интерфейс.