Сталкивался с той же проблемой. Правда возникала она нечасто (похоже, что при высокой загрузке CPU и то не всегда), и для себя я решил её установкой xmms и увеличением размера программного буфера в настройках модуля вывода ALSA. В настройках Audacious тоже есть размер буфера, но я предпочёл xmms из-за экономии ресурсов процессора и памяти. Решение не 100%, чтобы судить о его работоспособности, нужно больше слушать, но пока вроде бы всё ок.
P.S.
Увы нет, не всё ок :(
Сейчас пробую другое решение, найденное
тут.