Вообще, визор работающий от рута и проверяющий даты изменения файлов автозапуска пользователей поможет в большинстве случаев (в будущем).
Я конечно точно не знаю, так как не пользуюсь Гномом, но... Нет ли там "реестра", из которого можно и автозапуститься, и дата изменения не поможет.
Что, придется анализировать "реестр"? Опять гонка вооружений "вирусы-антивирусы", которую будут подпитывать фичи DE (реестры, шины сообщений, через которые можно управлять приложениями и т.п.)? А как же мантра "линукс надежен, там нету и не может быть вирусов, там не работают от админа и там не может быть вирусов"?