Ну, раз linux запускается, пропишите в lio.conf загрeзку Windows и дайте команду lilo.
Каким образом дать лило команду? Вот лило.конф:
map="/boot/map"
lba32
prompt
compact
vga="0x314"
boot="/dev/disk/by-id/ata-ST3120022A_5JT5429F"
timeout="50"
install="menu"
message="/boot/splash/message"
append="panic=30 splash=silent"
default="ALTLinux"
image="/boot/vmlinuz"
label="ALTLinux"
root="UUID=7dc3669f-69b9-4f22-a8eb-39409c64f577"
initrd="/boot/initrd.img"
image="/boot/vmlinuz"
label="failsafe"
initrd="/boot/initrd.img"
root="UUID=7dc3669f-69b9-4f22-a8eb-39409c64f577"
addappend="failsafe"
vga="normal"
read-only
other="/dev/disk/by-id/ata-ST3120022A_5JT5429F-part6"
label="Windows1"
alias="WINDOWS"
master-boot