Лечится такая флешка так -
Флешка монтируется, как устройство (например, /dev/sdb), её содержимое сохраняется на жёстком диске,
потом в gparted создаётся новый раздел fvat (старый удаляется),
Снова монитруется флешка (как /dev/sdb1), копируются файлы обратно, зарускается
syslinux -d /syslinux /dev/sdb1
Флешка отмонтируется, и всё готово
/dev/sdb - дано для примера, конкретность зависит от обстоятельств.