А если попробовать что-то типа
wine /bla-bla/softina.exe &> wine_frozen.txt
и потом попробовать разобрать полученный wine_frozen.txt ?
:) При запуске через
wine app.exe
тормоза остались но зависания прекратились. Возможно проблема была в неккоректных путях переданных вайн при старте двойным щелчком из Konqueror'а. Судя по wine_frozen.txt, идет интенсивная работа с OLE, возможно зависания были вызваны поиском OLE-серверов по всей файловой системе.
Пока я или кто-то другой не найдет более воспроизводимый пример на нативном приложении, предлагаю проблему считать решенной.