Все, обновление пошло, спасибо за помощь. Как я понял проблема была вот в чем (выделено красным):
[root@comp9 ~]# rpm -qa | grep xulrunner
xulrunner-192-libs-1.9.2.14-alt0.20101222.M50P.1
xulrunner-192-1.9.2.14-alt0.20101222.M50P.1
[root@comp9 ~]# grep -R ^rpm /etc/apt
/etc/apt/sources.list.d/alt.list:rpm
ftp://ftp.altlinux.org/pub/distributions/ALTLinux/p5/branch/ i586 classic
/etc/apt/sources.list.d/alt.list:rpm
ftp://ftp.altlinux.org/pub/distributions/ALTLinux/p5/branch/ noarch classic
/etc/apt/sources.list.d/sources.list:rpm cdrom:[ALT Linux 5.0.0 School Master (none) main build 2009-10-26]/ ALTLinux main[root@comp9 ~]#
Я вроде бы раньше не замечал, что наличие cdrom-а в репозитории может мешать обновлению.