Да, такое поведение мне было знакомо ещё с 4.0. Не помню что я делал тогда, но сейчас на системе 6.0 помогает запуск KDiskFree и выполнение отмонтирования привода дисков через открывшееся меню. Если привод не занят каким-либо процессом он отмонтируется. По большому счёту эта утилита висит у меня в лотке, так как с FDD тоже не всё гладко, а им приходится пользоваться.