Проблем не возникнет никаких. Не забудьте при загрузке выбирать нужную графическую среду ;)
Устанавливаете любую понравившуюся систему, а дальше через apt или synaptic доставляете всё, что понравилось, лишь бы места хватило ;)
Конфликтов быть не может никаких, ибо все программы используют разные конфигурационные файлы. Потому не проблема, например, используя Simply на XFCE для записи CD/DVD применять k3b.. Конечно, оно тянет ряд дополнительных библиотек, но и только.
