У меня похожая ситуация, когда нужно было дать человеку право делать определенные действия, не давая ему всех прав. Я это решил так- php-скрипт записывает в определенный файл значение переменной, а запускаемый по крону скрипт в зависимости от считанного из файла значения указанной переменной запускает скрипт, в моем случае от рута.