А кто у вас микшером? КДЕшный, к примеру, отлично справляется. Ну и еще pavucontrol.
Если без пульс аудио, то kmix - нормальный микшер. Уйма каналов - Master, Front, Center, наушники, три микрофона и т.д. Можно нормально управлять всем.
А при пульс аудио имеем вкладки "устройство ввода", "устройство вывода", еще какие-то (не помню сейчас, на работе есть комп с пульс аудио, могу завтра посмотреть и сказать точно). На каждой вкладке один регулятор.
Я привык громкость в нашниках регулировать регулятором HeadPhone, а громкость колонок регулятором Front и т.д.