У меня был сервер 4.0, который фрагментарно обновлялся из репозиториев 4.1, а то и p5.
В итоге я решил его полностью обновить до p6, что и было проделано путем последовательных обновлений до 4.1 -> p5 -> p6. Да, пришлось повозиться местами, но в целом это заняло у меня меньше времени, чем установка нового сервера и перенос на него всех данных и настроек.
Так что опытному человеку я бы посоветовал обновляться, не очень опытному - ставить новый сервер.