Для начала попытаться осознать, понять и запомнить, что
линукс отказался грузиться
и "не загрузилась графическая среда" -- это РАЗНЫЕ вещи.
Незагрузка графики (что и бывает при смене карты) не отменяет входа в систему в текстовом режиме, исправление конфигов Х-сервера, и продолжение нормальной работы.
Для переезда на другую материнскую плату может понадобиться перегенерация initrd, которую можно сделать или заранее, или загрузившись с livecd.
Если все сказанное для вас "темные лес", то ставьте систему так, как рекомендует инсталлятор (то есть с /home на отдельном разделе) и переустанавливайте систему каждый раз, с сохранением строго /home.