Тогда ещё вопрос: а дистрибутив какой, и в качестве WM/DE что?
По идее Ctrl-Alt-BkSpace ([само]убийство процесса Х) должно было хватить.
Так как xkill просто прибивает процесс, связанный с указанным окном, то после перезагрузки процесс, связанный с панелью должен был нормально стартовать. Можно предположить, что при завершение через «отстрел» не закрыло какие-то файлы и в результате попортились конфиги.
Если вы действительно ничего более не делали, могу предложить отодвинуть в сторонку конфиг вашего WM и поглядеть, что будет.