Процесс обновления системы уже завершён, когда запускается перестроение базы rpm, если rpm обновился. Так что речь именно о базе rpm.
Так это надо знать, что за чем идет. Потому новички и удивляются, тем более что строка приглашения рута не появилась в конце процесса. У тех, кто этот процесс видит в первый раз создается впечатление, что процесс обновления продолжается и нужно терпеливо ждать.
Спасибо за подсказку, теперь постараюсь запомнить такие тонкости.