Могу лишь предположить, что приложение не рассчитывалось на запуск из скрипта (всё-таки приложение, работающее в графике)... Из скрипта, видимо, какие-то переменные окружения не передаются (возможно, при запуске из скрипта их надо передавать вручную)...