Всё. Форматнул оба винта полностью. Установил всё заново, загрузка проходит на ура! Возможно предыдущий раз была косяк из-за того, что самый большой раздел (/var) я создавал из оставшегося места (а диски судя по всему на 18мб отличаются по размеру), что вызвало синхронизацию этого раздела при первом запуске и ошибку при загрузке в дальнейшем.