На всякий случай, что показывает zgrep NR_CPUS /proc/config.gz ?
Ну и можно ядро попробовать std-def. В CentOS 6.4, кстати, ядро какое ?
Ещё на dmesg посмотреть бы, вдруг что-то интересное будет. dmesg от CentOS, для сравнения, тоже не повредит.
И, ради интереса, 12 - это точно ядра обоих процессоров ? Может, это один процессор с гипертредингом ?