Спасибо за подсказку про утилиту hdparm.
Достаточно параметра -B 254 (255 отключает APM), параметр -S 0 можно не использовать, т.к. он не помогает.
Кстати, есть замечательный пакет "smartmontools", с его помощью можно просматривать данные о диске и атрибуты SMART.
sudo smartctl --get=apm /dev/sda - показывает параметр Advanced Power Management
sudo smartctl --all /dev/sda - выводит всю информацию о диске
sudo smartctl -A /dev/sda - выводит только атрибуты SMART
Про rc.local еще не читал, нужно разобраться для чего он нужен.
Еще раз спасибо.