Суть проблемы:
Вот теперь понятно.
Я не силен во внутренней стректуре Х-сервера, но гугление показало, что снять скриншот с курсором не так-то просто. Видимо, самый простой, хоть и несколько извращенный способ: поставить виртуальную машину (VirtualBox иди VMWare, к примеру), в ней ОС и нужный софт, и делать скриншоты с помощью средств виртуальной машины.
Однако, можно и иначе. У меня получилось.
1. Открыть конкверором каталог с распакованной темой курсоров из пакетов x-cursor-theme. (лежат в /usr/share/icons/ИМЯ_ТЕМЫ), кликнуть по нужному курсору, потом правой кнопкой, и сохранить как PNG-файл.
2. Снять скриншот.
3. Установить программу для работы с графикой. Возможно, подойдет и GIMP или sK1, но я предпочитаю XaraLX, чего и вам советую. Открыть там (для ксары через "импорт") скриншот и курсор, и положить одно на другое. Все работает с прозрачностями, так что даже тень от курсора видна там, где надо. К тому же регулируются прозрачности слоев, или отдельных объектов.