Проблему synaptic решил сам, я делал как было написано в диалоговых окошках. Решил написать про это потому что увидел в обновлении системы вторую ошибку (первой оказался баг с удержанием базы apt-pipe). Если возможно, dbus лучше было бы обновлять последним, может быть тогда зависимости бы не ломались).
