Убрать сам .desktop файл, как выше было сказано.
Либо дописать в .desktop 'Hidden=true', либо обрезать права доступа на файл.
Вообще, касаемо KDE, можно для каждого пользователя сделать своё меню, да и не только меню, практически весь профиль ! Я немного пользовался утилитой kiosktool на TDE3 (KDE3). Там такой возможности вроде бы нет, но на основе "скелета" можно подправить профиль. Подсказать больше не могу, т.к. не особо разбираюсь в специфике KDE, знающие люди, полагаю, просветят в этой области подробней. Ну или погуглить на эту тему.
Удачи!