У меня на компьютере 2 папки «Отправленные» (вторая появилась после перенесения в почтовый клиент настроек с другого компьютера. Отправляемые сообщения ложатся без всякой системы то в одну, то в другую папку (видимо, в ту, которая была открыта последней).
Я это знаю и после отправки сообщения проверяю, легло ли оно в ту или иную папку. Поскольку, как смотреть логи journald или ставить syslog и после этого смотреть логи в /var/log/mail/* мне непонятно и для меня сложно, решил еще раз поковырять настройки.
В итоге вошел в меню Thunderbird — Настройки — Параметры учетной записи — Копии и папки и поиграл в разделе, где выбирается, куда помещать отправленные сообщения. Хочу заметить, что там у меня все было выставлено правильно — после возникновения проблемы я первым делом полез именно туда. Просто галочку и точечку ставил в разных местах, но потом все вернул на прежнее место. После этих игр все отправленные, но отсутствовавшие в папке «Отправленные» сообщения там появились.