Если проблемы только на одной флешке, и только на одном компьютере, То я-бы начал смотреть с файловой системы. Например, сохранил-бы всю информацию с флешки, заново-бы создал и отформатировал её раздел (возможно с отступом в 1Мб) и проверил. Если лечение помогло, то восстановил-бы данные, нет, начал-бы смотреть с точки зрения железа - что в этой флешке особенного - USB2/USB3 и т.п.