Уважаемый asy, я только начинаю работать с Linux, вы не могли по подробнее
Это не Linux, это отвёртка и шнурки. По-скольку загрузка с точной копии просто обязана происходить, у меня есть только одно предположение: именяются какие-то аппаратные вещи, к которым привязана загрузка. В частности, параметр root= для ядра может содержать серийный номер устройства, или что-то в этом роде. Каталог /dev/disk содержит допустимые варианты. Если у Вас там UUID, то должно работать (хотя, если Вы не вытащили старый HDD, то загрузка будет идти непредсказуемо, так как UUID Вы тоже скопировали, но так как у Вас две копии, сразу Вы это не заметите), если by-path, может не работать из-за перемещения на другой интерфейс. Если by-id, то может не работать из-за смены серийного номера.
Что у Вас показывает cat /proc/cmdline ?
Правда, недавно образовалась засада, только что увидел:
https://lists.altlinux.org/pipermail/community/2016-June/685790.html