У меня XFCE + LXDE.Если с xfce все нормально.С lxde APT indicator обновления показывает но не запускает synaptic.
synaptic с терминала и с меню приложений работает.
[rr@samba ~]$ xdg-su -c "/usr/sbin/synaptic -r"
/usr/bin/gksu: неверный ключ — «c»
GKsu версии 2.0.2
Использование: /usr/bin/gksu [-u <пользователь>] [параметры] <команда>
--debug, -d
Вывод информации, которая может быть полезна
для диагностики и/или решения проблем.