arpwatch должен быть запушен на стабильно работающем сервере, который лишний раз не перегружается, тогда и сообщений будет меньше. Т.е. он один раз узнав про всех отправит кучу писем, а потом будет только сообщать об изменениях. Можно настроить что бы почта от arpwatch выпалась в отдельную папку imap, у меня собственно так и сделано. Ну если уж точно решили выключить, то надо выполнить от root
chkconfig arpwatch off
service arpwatch stop