Поменять ядро с std на pae в Альте вообще никакая не проблема. Справедливости ради, в последней Убунте pae ядро на 32-битную версию ставится автоматически. А раньше- да, насколько помню, серверное ядро ставили для >4 Г.
Upd: Неправ был насчет автоматической установки в Убунту, все вручную, как и в Альте.