мм, возможно уже все уже разобрались , как устранить неприятность со squid.conf. но все же.. сегодня столкнулся с той же проблемой. после перезагрузки этот файлик возвращался на исходную.. почесал голову и подумал... А что же это за файлик - squid.conf.default..открыл его и понял что это тот самый эталон (по названию ясно)) в итоге -меняем как нам надо squid.conf, удаляем squid.conf.default, копируем в тот же каталог измененный squid.conf и переименовываем его на удаленный squid.conf.default )) все вроде работает
вот такое наверно кривоватое решение.