Всё станет намного проще, если рассматривать "загрузчик" как отдельную от установленной системы и самостоятельную сущность.
Для LILO необходимо, чтобы на момент запуска команды lilo ему были видны в смонтированной файловой системе ядра и образы initrd.
Этого относительно несложно добиться: грузитесь в ALT 5 Server, логинитесь локально под root,
# mkdir /mnt/tmp
# mount /dev/sda3 /mnt/tmp
# mcedit /mnt/tmp/etc/lilo.conf
копируете индивидуальную часть (начиная от image = Linux Junior 4.0)
# mcedit /etc/lilo.conf
вставляете скопированное в конец, исправляете только во вставленном каждое вхождение "/boot/" на "/mnt/tmp/boot/"
делаем бэкап загрузчика (на всякий случай)
# dd if=/dev/sda of=/boot/back.mbr bs=512 count=1
ставим загрузчик
# lilo
Если нет ошибок и сомнительных предупреждений, пора перезагрузиться.
Если перезагрузка по каким-то причинам не удалась, загрузиться с CD/DVD/Flash, где можно перейти в консоль и восстановить загрузчик:
# mkdir /mnt/tmp
# mount /dev/sda1 /mnt/tmp
# dd if=/mnt/tmp/boot/back.mbr of=/dev/sda bs=512 count=1
