у меня тоже была проблема после установка ядра с поддержкой virtualbox на desktop 5.0, отказалась работать штатная видеокарта на материнской плате m2n-vm dvi (nvidia) млин, чтобы хоть как то загрузиться поставил vga режим в xorg.conf , убрал xorg.conf регенерации файла не произошло, не робило
пришлось разобрать чужой компьютер, забрать от туда видеокарту, с ней получилось
после устновки последней в компьютер все заработало, только сейчас решил проверить что с файлом xorg.conf - его по прежнему нет ((
root@name-mypc X11]# pwd
/etc/X11
[root@name-mypc X11]# ls | grep *.conf
так что на linux тема видеокарт не очень приятная на desktop :)