Тут однозначно дело в wine. Я уже наверное всё, что только видел в интернете попробовал - ничего не помогло.
Ссылки в конечном итоге сделал так:
ls -l ~/.wine/dosdevices/ | grep lp
lrwxrwxrwx 1 roman roman 13 Окт 12 22:03 lpt1 -> /dev/parport0
lrwxrwxrwx 1 roman roman 8 Окт 13 08:30 lpt2 -> /dev/lp0
PonyProg в wine LPT так и не увидел, пробовал менять имитацию винды - бесполезно.
А вот с Хамелеоном
http://atprog.boom.ru/Sindex.html дела несколько иначе. Если ставить эмуляцию windows xp, то программа выдаёт окно с предупреждением, что LPT нема и на этом всё, но если включить эмуляцию windows 95, 98, me, то при запуске вылетает какаято ошибка, программа теряет все настройки и запускается, если не закрывая прогу настроить всё как должно быть, то она работает и порт видит, причём оба (см выше) и даже работает с любым из них, т е получается, что неважно, на что ссылку делать хоть на /dev/lp0, хоть на /dev/parport0 - работает одинаково.