Я так и не понял, какие файлы куда вы копировали.
Я скопировала файлы Directory_root_default.conf, Directory_htm_root_default.conf, Directory_cgibin_default.conf, находящиеся в каталоге /etc/httpd2/conf/Include в каталог /etc/httpd2/conf/extra-available и все заработало. С сайтами сделанными на joomla и сейчас никаких проблем, работают.
Проблемы с Moodle начались
только через 2 дня, сначало все работало без ошибок, я думаю, что она тоже начала работать с ошибками, но только после своего обновления. Поэтому думаю, что это не связано с обновлением самого сервера. В начале использования Moodle я переносила папку moodledata в www, пероначально эта папка находилась webapps, но появлялось предупреждение, что она доступна в сети всем и мне посоветовали ее перенести. Может из-за не стандартного расположения папки она оказалась недоступна при обновлении и теперь появляется ошибка
Could not find or create a directory (/var/www/moodledata/temp/typo3temp) Ну а за советы спасибо, буду пробовать, хотя такое решение требует много времени.