Проблема не в флаге : R - означает, что процесс работает, (man ps - R running or runnable (on run queue)) l - что он имеет "нити" (l - is multi-threaded (using CLONE_THREAD, like NPTL pthreads do)) . Скорей всего сам Skype блокирует 15-й сигнал и не реагирует на него. Попрбуйте 9-й сигнал - задача не может его блокировать и обрабатывать, но и ничего поэтому сохранить не сможет.
$ kill -9 7656