правильно ли я понимаю, что при проверке жд могут быть потеряны данные?
да. Но, скорее всего, потеряется только то, что уже потеряно.
можно ли бэкап всего жд целиком сделать, чтобы потом восстановить?
Да. С помощью dd можно сделать копию один в один как на другой hdd, так и в файл, за исключением тех секторов, что уже не читаются.
если делать бэкап всего жд, не будут ли в восстановленной версии те же косяки?
Те же - это что имеется ввиду ? Какие-то повреждённые данные ? Да, они останутся. Если речь про ошибки чтения/записи, то это уже от hdd зависит, нового, или восстановленного.
как обновить с 5.36 до 5.41?
большого смысла в этом нет. Сейчас лучше уже не ставить ничего нового до устранения проблемы, чтобы не усугублять.
в серверной стойке есть идентичный по параметрам сервер с аналогичной ОС. он выключен за ненадобностью. можно ли на него перенести все настройки и установленные программы с проблемного сервера?
Надо перенести на другой HDD. А где оставить рабочие hdd, в старом, или отключенном - не важно. Да, если там харды такие же, или больше, можно подключить hdd из резервного к проблемному серверу, загрузиться в single mode и сказать что-то вроде
dd if=/dev/sda of=/dev/sde bs=1024K
буквы только в sdA/sdE правильные выбрать и не перепутать, что куда копировать.