О, старый добрый PHP :)
Заменой надо пройтись по всем скриптам во всех папках. Ничего не должно поломаться.
$idSQLConnection = mysql_connect($config['mysqlhost'], $config['mysqluser'], $config['mysqlpass']);
станет
$idSQLConnection = mysqli_connect($config['mysqlihost'], $config['mysqliuser'], $config['mysqlipass']);
Ничего страшного. Там где хранится $config['mysqlhost'] тоже всё поменяется.
Проблема может возникнуть, если в каких-то таблицах в БД есть столбцы с "mysql". Больше я и придумать не могу, как ещё может не получиться.