Мы не знаем с чем это связанно,
Это похо. Надо изучать принципы маршрутизации, если строите сети с роутерами внутри. Там не сильно сложно на самом деле.
Только вот я не понял, где вопрос-то ? Интерфейс из сети 192.168.101.0/24 поднят на сетевой карте 1. Все пакеты этой сети будут использовать direct route. Или имеется ввиду, что на интерфейсе могут быть другие пакеты из 192.168.0.0/16, но не из 192.168.101.0/24 ?
Дело в том что при перезагрузке, работают оба интерфейса, и пинги с 192.168.100.5 не идут, как только мы отключаем интерфейс №2, все начинает нормально работать.
192.168.100.5 не входит в сеть 192.168.101.0/24, соответственно, он может быть доступен только через какой-то маршрутизатор. Кроме прямых маршрутов, самостоятельно образующихся при поднятии соответствующих интерфейсов, в системе может быть как-то заданный маршрут по-умлчанию. Либо руками, либо он может быть получен по DHCP, либо он может быть назначен демоном pppd (если испльзуется какой-то вариант PPP), либо посредством какого-то протокола динамической маршрутизации (RIP, OSPF, IS-IS, BGP). Могут и ещё быть варианты. Описываемое Вами похоже на то, что default к Вам поступает от двух DHCP-серверов с обоих интерфейсов. С интерфейса 2 имеет бОльший приоритет, потому пакеты для неизвестных сетей улетают через него. Посмотрие вывод команды "ip r" для всех случаев. Вообще
ip routeно утилита ip понимает недописанные команды, если они уникалны.
И да, выход - задать постоянный дополнительный маршрут для 192.168.100.0/24 через тот роутер, который про него знает. Очевидно, это с него прилетает другой default в отсутствие интерфейса 2.
И разберитесь, у Вас etcnet интерфейсами управляет, или Network Manager. От этого зависит, что и куда писать.
