Если удалить на совсем, то да, в /etc/fstab закомментировать.
PS: У меня два жёстких. Один под склад. Комп гоняю сутками. Нет смысла жечь второй жёсткий (особенно летом в жару), по этому я его перед включением компа отключаю/включаю, откидывая только шину питания. Ни где ни чего не правлю, при загрузке ошибка вылетает, но грузит дальше. Всё нормально фунциклирует уже долгое время.