Но как этот пакет оказался в репозитории, если у него такая явная бага? Вывод один - мантейнер "трогал" библиотеки :)
Нет, все гораздо сложнее. И если у пакета есть "такая бага", это еще не означает, что "майнтейнер что-то потрогал, поэтому он виноват".
Задача майнтейнеров - собрать программу из исходников, обеспечив необходимую интеграцию пакета в дистрибутив.
Не являюсь специалистом по audacity, но думаю, что оригинальный audacity вообще не поддерживает mp3, поскольку mp3 защищен патентами США. Например, если вы возьмете Ubuntu - то там поддержки mp3 в свежеустановленном дистрибутиве нет вообще.
У нас патенты США не действуют, поэтому можно встраивать поддержку mp3 "из коробки". Но это требует "трогания библиотек".
Так что то, что audacity не поддерживает "из коробки" mp3 - это не вина майнтейнера.